17 января 1992 года Правительство России приняло постановление о возвращении статуса Андреевского флага. 21 июля 1992 года Президентом России был подписан Указ №798 об утверждении новых флагов. Согласно Указу военно-морским флагом России снова становился Андреевский.
Символика Андреевского флаг уходит корнями в глубокую древность.
Апостол Андрей был братом Апостола Петра - Петра-хранителя. И царь Петр I считал его также своим божественным покровителем. Оба брата ловили рыбу в Галилейском море, что обусловило их покровительство над морской торговлей. Андрей был первым, кто был призван к себе Христом. Из-за этого он был назван Первозванным.
Согласно Библейской легенде, Апостол Андрей также является покровителем земель, заселенных славянами. В Киеве он оставил наперстный крест, после этого, когда он посетил Новгород и расположенный рядом Волхов, он также оставил наперстный крест (теперь это - деревня Грузино, где был построен храм Андрея Первозванного). Апостол Андрей стал известным после неустанного проповедования христианства в своем путешествии и принятия мученической смерти на кресте.
Символика Андреевского флага также была данью памяти Петра I его отцу - царю Алексею Михаиловичу, который впервые учредил специальный флаг для первого военного Российского судна - трехмачтового галиота "Орел".
Став царем, Петр I уделял много внимания разработке проектов флага. В 1692 году он лично нарисовал два проекта. На одном из них имелись три параллельных полосы с надписью "белый", "синий", "красный", на втором были те же самые цвета с Андреевским крестом поверх них.
В 1693 и 1695 годах второй проект был включен в некоторые международные атласы как флаг "Московии". С 1692 по 1712 Петр I нарисовал еще восемь проектов флага, которые последовательно были приняты во Флоте. Последняя (восьмая) и заключительная версия была так описана Петром I: "Флаг белый, поперек этого имеется синий Андреевский крест, коим Россию окрестил он ".
В такой форме Андреевский флаг просуществовал в Российском Флоте до ноября 1917 года.